在庇护所的管理过程中，玩家可能会遭遇多样的危机，需要采取有效的措施进行应对。这些危机的处理需要玩家具备优秀的资源调配技巧、战略规划能力和应急反应能力。玩家需要合理布局庇护所内的各项设施与居民分布，并制定相应的应对策略，以迅速应对和处理各类危机。通过明智的决策和行动，玩家可以确保庇护所免受灾害的侵袭，保持其正常运转和舒适的生活环境。
游戏中可能会有外来势力或野生生物的袭击，对庇护所造成威胁。玩家需要组织居民进行防御，保护庇护所安全，在门口的位置设置高武力的居民镇守可以解决像强盗入侵或者是其他野生生物袭击的灾害。还有火灾，可能在庇护所内部的房间蔓延，会造成人员伤亡和资源损失。玩家可以安装灭火器设备或培养具备灭火技能的居民来应对火灾。
蟑螂会导致庇护所内部出现食物污染，如果解决得不及时还会有不同房间之间灾害蔓延的情况产生。影响居民的生活和健康，一些小孩和孕妇在遇到蔓延性灾害的时候还会乱窜甚至造成居民去世等严重的后果。玩家需要派遣居民进行清扫和治疗，以减轻虫患带来的影响，在每个可能有蟑螂入侵的房间都需要均匀分配一下高武力值的居民及时在问题苗头上麦那解决问题。
辐射灾害对居民健康构成威胁，玩家需积极应对。封闭受辐射区域可防居民受害，但使用受限。放置辐射减缓设备如净化器可降低辐射。受辐射居民应送医疗室治疗。建设防辐射设施如遮蔽室或防护服可保护居民。放射源泄漏应及时修复，避免辐射扩散。可将受辐射区域人员调动到其他区域工作。设置辐射检测设备可监测辐射水平，及时应对。